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I virus influenzali appartengono al genere Orthomyxovirus della famiglia Orthomyxoviridae. Il virus Influenza è costituito da una particella virale di forma sferica-ovoidale, con un diametro di circa 110 nanometri (un nanometro equivale a un milionesimo di millimetro) e un nucleo centrale di circa 70 nanometri. La superficie è rivestita da un involucro, caratterizzato da due tipi di glicoproteine: l'emoagglutinina (H) e la neuraminidasi (N). L'emoagglutinina è la proteina che permette al virus di avere accesso all'interno delle cellule dell'ospite, dove poi si moltiplica. La neuraminidase permette ai virus formatisi all'interno della cellula di infettare nuove cellule.
I virus influenzali si dividono in tre diversi tipi: tipo A, tipo B e tipo C in base alle caratteristiche antigeniche (ovvero delle loro proteine di superficie). Il virus di tipo A è il principale patogeno umano, associato a epidemie e pandemie. Il virus B causa generalmente malattia meno grave del virus di tipo A. Il virus dell'influenza C infetta solo l'uomo, è geneticamente stabile e poco patogeno.
Il tipo A è essenzialmente un virus aviario, che si adatta occasionalmente all'uomo e può causare l'insorgere delle pandemie (ovvero epidemie che si diffondono su scala mondiale). I virus B e C infettano solo gli esseri umani: il virus B è responsabile per l'insorgenza di piccole epidemie su scala locale (ad esempio, nella popolazione scolastica). Il tipo C causa una patologia molto leggera per questo motivo è molto meno studiato.